Ochranu přírody a krajiny v CHKO Moravský kras vykonává Agentura ochrany přírody a krajiny ČR prostřednictvím Správy CHKO. Hlavní náplní činnosti AOPK ČR je státní správa v oblasti ochrany přírody a krajiny, dále zajišťování péče o cenné lokality a v neposlední řadě monitoring zájmových druhů a jejich výskytu v území.
Chráněná krajinná oblast Moravský kras byla vyhlášena v roce 1956 jako první na Moravě a druhá v tehdejším Československu na rozloze 92 km2. Hlavním důvodem pro vyhlášení byla krasová krajina – jeskyně, skály, závrty, ponory a vyvěračky, ale i lesy, skalní stepi a další příroda.
V roce 2019 byla chráněná krajinná oblast vyhlášena znovu, s poněkud upravenými hranicemi. Její rozloha se mírně zvětšila (z 92 na 96,8 km2), některá přírodně nepříliš cenná území byla vypuštěna výměnou za jiná. Změnila se i zonace, určující základní podmínky hospodaření v krajině. Do I. zóny byly nově zahrnuty části zemědělské krajiny nad jeskyněmi, na nichž hospodaření výrazně ovlivňuje stav jeskyní a čistotu vody.
Předmětem ochrany CHKO Moravský kras jsou:
- harmonicky utvářená krasová krajina s typickým krajinným rázem daným zejména reliéfem krasových plošin, hlubokých krasových kaňonů (žlebů), včetně jejích kulturních a historických složek,
- jedinečný soubor povrchových a podzemních krasových jevů ve všech fázích jejich vývoje, včetně jeskyní s jejich výplněmi,
- historická důlní díla,
- specifická společenstva podzemních prostor s výskytem vzácných a zvláště chráněných druhů živočichů,
- povrchové a podzemní vodní toky, vodní plochy a mokřady s přirozeným vodním režimem, přirozenou morfologií, hydrologickými funkcemi a na ně vázanou biotou,
- přirozená a přírodě blízká lesní a nelesní společenstva s vysokou druhovou pestrostí,
- předměty ochrany evropsky významné lokality Moravský kras.
V chráněné krajinné oblasti leží 19 maloplošných zvláště chráněných území, bylo vyhlášeno 15 památných stromů včetně několika alejí a stromořadí, a velká část oblasti je v překryvu se stejnojmennou evropsky významnou lokalitou celoevropské soustavy Natura 2000. Část území překrývající se s NPR Vývěry Punkvy je také jedním ze 14 mokřadů mezinárodního významu. Jedná se o RS Podzemní Punkva, která jako jediná v ČR zahrnuje podzemní mokřady a chrání jejich obyvatele.
